孙中山在临时大总统任内函复中华佛教总会申请立案的报告中，没有简单地把佛教视为迷信活动，而是本着信教自由和政教分离的原则，同意它的“揭宏通佛教，提振戒乘，融摄世间、出世间一切善法，甄择进行，以求世界永久和平和众生完全之幸福”的立会宗旨，肯定它“阐微索隐，补弊救偏，既畅宗风，亦裨世道”在中国社会和学术研究中的作用。同时，又指出“近世各国政教之分甚严，在教徒苦心修持，绝不干预政治，而国家尽力保护，不稍吝惜。此种美风，最可效法”，以启导中国佛教徒认清守戒清修的正确道路。孙中山还将中华佛教总会申请立案的报告发交教育部存案，使它在法律上取得“社团法人”的地位。这些有关佛教问题的批示和处置，体现了孙中山先生对佛教与中国社会关系问题的精辟见解和对佛教徒的亲切关怀。
孙中山对佛教与中国社会关系的精辟见解，和对佛教徒的亲切关怀，博得广大佛教徒的尊敬和爱戴，故当孙中山解除临时大总统职务，南下广州的时候，广东的佛教徒即推广东佛教总会(后改为中华佛教总会广东分会)会长铁禅领头，于1912年5月在广州六榕寺召开欢迎孙中山大会。孙中山携同家属和广东军政府大都督胡汉民等出席欢迎大会，并给广东佛教徒题赠了“平等、自由、博爱”六个大字，以勉励他们遵守“临时约法”(孙中山在临时大总统任内，于1912年3月11日公布的、属于临时宪法性质的法律)上有关宗教信仰的规定，进行正当的宗教活动。
孙中山还乘参加欢迎会之便，登上六榕寺的九级浮屠——花塔游览。他看到花塔从第二级起，每级都悬挂着四字的匾额一方。它们从第二级起，自下而上依次为“二仪高下”、“三光并耀”、“四表光被”，“五岳推尊”、“六合遥观”、“七星凌汉”、“八埏在望”、“九垓一览”。匾额对历史、艺术建筑来说，有着画龙点睛的妙用，而这八方匾额既恰到好处地表达出这座高耸入云的花塔各个层级的特色，又概括地体现了它那穿云插天、九垓一览的高昂气势，是不可多得的文艺杰作。把当年孙中山见过的这些匾额恢复过来，定能使这座中外驰名的佛教艺术建筑——花塔更加生色。